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一 、来源不同
山莨菪碱：由茄科植物山莨菪中提取得到的生物碱，简称654-1 ，还可以用人工合成方法制得 ，称为654-2，现基本使用人工合成品654-2 。
东莨菪碱：是由洋金花 、颠茄、莨菪等植物中提取得到的一种生物碱。
二、分子结构不同
山莨菪碱：山莨菪碱结构中醇部分在 6位有一个β－ 取向的羟基 ，使山莨菪碱分子极性增强 ，难以通过血脑屏障，中枢作用很弱 ，极少引起中枢兴奋症状。
东莨菪碱：东莨菪碱的醇部分在 6 ，7 位间有一个 β－ 取向的氧桥基团，这使东莨菪碱的脂溶性增强 ，易进入中枢神经系统 ，是莨菪生物碱中中枢作用最强的药物 。
由于两者结构不同，导致其作用部位的不同 。东莨菪碱主要作用于中枢 ，治疗中枢功能障碍 ，易进入血脑屏障和胎盘屏障。山莨菪碱主要作用于外周，治疗外周的痉挛 。正是由于山莨菪碱和东莨菪碱结构上的差异以及作用部位的不同，表现在药理作用和适应症上 ，两者也有不同之处 。
三 、药理作用不同
山莨菪碱作用与阿托品相似或稍弱。654-1与654-2的作用与用途基本相同 ，只是后者的不良反应略大 。可解除平滑肌痉挛 、血管痉挛（尤其是微血管），改善微循环 ，同时有解痉阵痛作用 。但扩瞳和抑制腺体（如唾液腺）分泌作用较弱 ，且极少引起中枢兴奋症状。
东莨菪碱为外周抗胆碱药，其外周作用与阿托品相似 ，对肠道平滑肌的解痉作用较强 ，其散瞳及抑制腺体分泌作用比阿托品强，对呼吸中枢具兴奋作用 ，但对大脑皮质有明显的抑制作用 ，还有扩张毛细血管、改善微循环以及抗晕船 、晕车等作用 。
四 、适应症不同
1、山莨菪碱用于
①感染性中毒休克，如暴发型流行性脑脊髓膜炎 、中毒性痢疾等（需与抗菌药合用） 。
②血管痉挛和栓塞引起的循环障碍：脑血栓 、脑栓塞、瘫痪 、脑血管痉挛 、血管神经性头痛、血栓闭塞性脉管炎等。
③各种神经痛：三叉神经痛 、坐骨神经痛等 。
④解除平滑肌痉挛 、胃肠绞痛、胆道痉挛等 。
⑤有机磷中毒 ，但效果不如阿托品。
⑥眩晕病。
⑦眼底疾患：如中心性浆液性脉络膜视网膜病变、视网膜色素变性 、视网膜动脉血栓等 。
2 、东莨菪碱用于
①胃肠道痉挛、胆绞痛 、肾绞痛 、胃肠道蠕动亢进 。
②胃肠道内镜检查的术前准备、内镜逆行胰胆管造影等 ，以减少肠道蠕动。
③用于全身麻醉前给药 、晕动病 、帕金森病、狂躁性精神病 、有机磷中毒 。
百度百科-山莨菪碱
百度百科-东莨菪碱
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