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学院贯彻“三三制 ”人才培养方案，深入开展人才培养模式和教育教学改革研究与实践 ，承担了教育部教改项目“材料科学复合型人才培养与实践” 和江苏省研究生教改项目“新型工程学科多层次创新型研究生人才培养模式改革与实践” ，着力培养提高人才创新能力和实践能力，在注重数理基础的同时 ，强调工程技术能力的培养 。
学生将在一年级末开始专业分流 ，本院分流的本科专业有材料物理 、材料化学 、光电信息工程、新能源科学与工程和生物医学工程5个方向 。二年级以后开始具体专业的学习，并可能得到教授们提供的进实验室加入科研的机会。
近年来 ，学院获得全国教学成果奖、江苏省教学成果奖各1项 ，建成江苏省“材料科学与工程技术教学实验中心 ”，联合多家知名企业建成人才培养基地 ，在这种推崇创新的人才培养模式下 ，学生创新成果层出不穷：本科生研究成果发表SCI论文或申请专利已达30余篇/项；在“挑战杯 ”大赛 、全国数学建模大赛 、中国大学生物理学术竞赛等重大赛事中频频获奖。在培养的学生中，更有在成为研究生后一年即获得中国光学领域“王大珩”奖 。
在南京大学建设世界高水平大学的进程中 ，工学已成为我校“文理工医 ”协调发展的重要组成部分 。在南京大学“三三制 ”人才培养的整体框架下 ，努力把现代工程与应用科学学院建设成为新生的、新型的 、满足国家战略性新兴产业发展对高素质人才的迫切需求的一流工科学院成为我们的当务之急。
现代工程与应用科学学院人才培养目标是培养适应未来社会发展的科学家和工程师，围绕这一目标，以学科建设思路为指南 ，人才培养体系建设的原则是 ，既体现鲜明的工学特色，又继承南京大学重视基础 、系统扎实的传统特色 ，同时注重实践能力的培养 。规划发展和建设现代工程学院的人才培养体系 ，以形成具有南大特色的工科体系，培养出不仅具有深厚的理论基础 ，又具有很强的实践能力的新型人才 ，提升现代工程学院毕业学生在工程技术界的竞争力 。
南京大学现代工程与应用科学学院由材料科学与工程、量子电子学与光学工程 、新能源科学与工程 、生物医学工程等四大现代工学学科所组成，这些都是与国家战略性新兴产业布局相关的发展中学科。各学科之间的相互关系与工学的传统学科群体系是有显著差别, 如何在学院层面上构建合理的本科基础课程体系,是需要探讨与解决的课题 。为此 ，在对国内外相关学科的本科人才培养体系的广泛分析研究的基础上 ，结合南京大学传统的人才培养体系，形成既充分体现四个学科各自特色 ，又强调现代工学的统一基础的人才培养方案 。明确以材料与器件为知识体系的核心 ，以典型应用与系统集成为牵引，瞄准科技前沿与国家需求，以学科建设带动人才培养的发展思路。在课程建设中 ，大力加强工程技术基础课与专业课建设 ，加强工程技术创新能力和实践能力的培养 。针对新一代材料科学与工程、信息网络技术 、新能源技术 、生物医学等国家战略性新兴产业发展对高素质人才的迫切需求，现代工程与应用科学学院在人才培养体系的建设中 ，对以下四个方面给予了特别的关注：(1)工学中具有普遍性的工程技术类专业课程的建设;(2)学院各学科方向共同知识与技术基础的课程内容的提炼；(3)光学工程、新能源 、生物医学等新建专业的专业课程的建设；(4)学生的工程实践能力的培养与实践教学平台的建设 。
实践教学是指高等学校根据其培养目标的要求 ，组织和引导学生参与各种实践环节并使大学生能从中接受教育 、培养综合素质的一类教学活动。实践教学在应用型本科高校人才培养中有着重要的地位，它是高等学校教学的重要组成部分 ，是培养应用型人才的必由之路 ，是科学研究的助力器，是为社会服务的重要途径 。实践教学在应用型本科高校人才培养中发挥着重要的作用 ，可以增强学生的社会责任感 ，提高学生的思想政治素质，提高学生学习兴趣、巩固学生的知识 ，增强学生的合作意识和创新意识 ，提高学生的动手能力、增长学生的实际才干 。
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